После того, как в 1629 году западная часть нынешней Латвии перешла под владычество шведов – протестантов, иезуиты нашли убежище в преимущественно католической Латгалии (тогда Польских Инфлянтах).
Иезуиты (Общество Иисуса) - мужской орден католической церкви, основанный в 1534 году Игнатием Лойолой и утверждённый папой Павлом III. Орден принимал активное участие в контрреформации – движении восстановления главенства католической церкви на территориях распространения протестантизма.В Ливонии, в которой после подписания Аугсбургского мира протестантизм стремительно распространялся, иезуитам было чем заняться. После раздела Ливонии, они прочно обосновались в Польских Инфлянтах). Например, в родовом имении Зибергов в Ликсне где и ранее действовала иезуитская миссия. С 1635 года здешние места стали одним из центров "рекатолизации" Латгалии.
Именно иезуиты выпустили в 1730 году первую печатную книгу на латгальском языке – сборник гимнов. Он был издан в Вильнюсе и переиздавался дважды: в 1733 и 1765 году. Правда, название книги было дано в польской орфографии, например, с буквами y и w, не использующимися ни в латышском, ни в латгальском алфавитах. А известный иезуит Михаил Рота (Mihaēla Rota, 1721-1785), уроженец Курляндии, развивал систему крестьянских школ и писал на латгальском учебники.
В Динабурге (нынешнем Даугавпилсе) иезуиты также появились в 1620-х годах. Здесь они основали иезуитский коллегиум (закрытое среднее учебное заведение), школу при нём и построили первоначально деревянный храм. Позднее был сооружён каменный храм в стиле Барокко (1746-1769), разрушенных немцами во Вторую мировую. Иезуиты строили католические храмы по строгим канонам, которые разработал архитектор Джакомо да Виньола, создатель церкви Иисуса в Риме.
Отметились члены ордена и в других латгальских городах. К примеру, католическая церковь Дагды с 1742 по 1820 гг. была иезуитской. В подклете ее похоронены местные священники-иезуиты. В Краславе с 1636 года распоряжался род Вольфов. Иезуит Георг Вольф писал: "Я просил, чтобы меня направили в Индию, а вместо этого назначили в Креслау. Однако я ничего потерял, так как и здесь обнаружил "индусов", поскольку большая часть населения — язычники." А иезуит Иеремия Вольф в 1676 году построил для местного католического прихода деревянный костёл.
Политическая борьба в католической церкви и недовольство орденом со стороны европейских монахов вынудили папу Климента XIV упразднить иезуитский орден в 1773 году. Но орден продолжил своё существование в некоторых странах: в Китае в Индии, в Пруссии, а также на территории Российской империи, частью которой после раздела Польши (случившегося менее чем за год до роспуска ордена) стала Латгалия. Таким образом две сотни иезуитов оказались на территории империи. Екатерина II после выхода года папского запретительного послания Dominus ac Redemptor, повелела его не публиковать и взяла иезуитов под своё покровительство.
В 1800 году новый император Павел I передал обществу церковь святой Екатерины в Санкт-Петербурге и дал своё согласие на устройство колледжа при ней. 7 марта 1801 года Папа Пий VII, следуя личной просьбе Павла I, официально утвердил Общество Иисуса, продолжавшее существовать в Российской империи. В 1804–1809 гг. на территории Латгалии в Динабурге жил и исполнял службу Ян Филипп Ротан (1785–1853), 21-й генерал Общества Иисуса (титул главы ордена иезуитов) и третий генерал после его повсеместного восстановления в 1814 году.
Но к моменту восстановления ордена в Западной Европе, в России был уже другой император, и отношение к иезуитам во властных кругах резко поменялось. К 1815 году число "черных отцов" в Латгалии не превышало и двадцати. 20 декабря 1815 года (после скандального обращения в католичество племянника князя Голицына) был издан указ о высылке иезуитов из Петербурга и Москвы. А в 1820 году император Александр I принимает решение об окончательном изгнании иезуитского ордена из России. В 24 часа оставшимся в Латгалии и других местах иезуитам было предписано покинуть территорию империи.